טירונות ואימון מתקדם - ההכשרה מתחילה בטירונות בבא"ח צנחנים, בפלוגה ייעודית ליחידת מגלן וליחידת דובדבן. אחרי הטירונות, שכוללת בין היתר אימונים בקליעה ובשדאות ואימוני כושר גופני, ממשיכים לאימון מתקדם, ובמהלכו עוברים קורס צניחה מלא לצד אימוני רובאי, מטווחים, ניווטים ותרגילי כושר.
הכשרת מגלן ייעודית - בסיום האימון המתקדם תגיעו לשלב ההכשרה המיוחדת של יחידת מגלן. בשלב זה תעברו אימוני הסוואה, סדרת ניווט הכוללת ניווט מקצועי באמצעות מפת השמיים, ותצפיות שמטרתן הפקת מידע ממרחק. כמו כן, תעברו קורס לוחמה זעירה (לו"ז), שילמד אתכם כיצד להפוך את העבודה בצוות מצומצם ליתרון משמעותי בשטח. לקראת סיום שלב ההכשרה תעברו שיעורים ואימונים מסכמים בצוות מצומצם ובאופן אינטנסיבי, וכן גם תגלו מה הייעוד שלכם בתוך היחידה. בסוף ההכשרה תיקחו חלק בשבוע מסכם באזור דרום הארץ, ובסיומו תקבלו את התואר לוחם מגלן.
בסיום ההכשרה תשובצו באחד הצוותים המסווגים של היחידה. לוחמים שמעוניינים ומתאימים לכך יוכלו להמשיך לפיקוד, להגיע לקורס מ"כים ובהמשך גם לקורס קצינים.