כיום פועלות עשרות תוכניות מיוחדות למחוננים ולמצטיינים מטעם משרד החינוך. תוכניות אלו מספקות העשרה לתלמידים ומאפשרות להם לפתח את היכולות ואת הכישורים הייחודיים להם. הקבלה לתוכניות מותנית בעמידה בהצלחה במבחני קבלה לאיתור מחוננים, ובמקרים מסוימים גם בריאיון אישי עם התלמיד. למכון נועם ערכות תרגול אונליין עדכניות, המותאמות למבחני הקבלה לכל התוכניות.
תוכנית אקדמיה בתיכון של משרד החינוך מיועדת לתלמידי כיתות י'-י"ב, אך גם תלמידי כיתה ט' שעברו את מבחן המחוננים ומוגדרים כמחוננים או מצטיינים יכולים להצטרף אליה. במסגרת התוכנית משתתפים התלמידים בקורסים אקדמיים במגוון תחומים (מדעי הרוח, מדעי החברה, מדעים והנדסה), המזכים אותם בנקודות זכות לתואר הראשון. נוסף על כך, במשרד החינוך הוחלט שלמשתתפים תהיה הזכות להמיר חלק מהמקצועות הנלמדים בתיכון בקורסים האקדמיים. במקצועות מסוימים ההמרה תהיה מלאה (כלומר, ציוני הקורסים האקדמיים ישמשו כציוני כל שאלוני הבגרות, עם בונוס של 20% נקודות לציון הבגרות הסופי), ובמקצועות אחרים ההמרה תהיה חלקית (כלומר, ציון הקורסים האקדמיים יחליף רק חלק משאלוני הבגרות). חשוב לציין שכדי להשתתף בקורסים, על התלמידים לעבור קורס מקדים ולסיימו בציון של 80 ומעלה.
אלו המוסדות האקדמיים שמשתתפים בתוכנית: האוניברסיטה הפתוחה, אוניברסיטת בר אילן, אוניברסיטת תל אביב, האוניברסיטה העברית, אוניברסיטת בן גוריון, אוניברסיטת חיפה, הטכניון, אוניברסיטת אריאל, המכללה האקדמית תל-חי והמכללה האקדמית נתניה. את טבלת המרת הבגרויות של כל מוסד אפשר למצוא כאן.
תלמידים עם לקות למידה, הפרעת קשב וריכוז, הפרעת תקשורת, לקות פיזית או מצב בריאותי מיוחד יכולים להגיש בקשה להיבחן בבחינה מותאמת.
יש להגיש את הבקשה באמצעות טופס מקוון בפורטל ההורים במעמד ההרשמה למבחן. לבקשה יש לצרף את המסמכים הבאים: מכתב בקשה, חוות דעת של המחנך או של יועץ בית הספר, דו"ח אבחון עדכני המתייחס לתפקוד הלימודי של התלמיד מטעם איש מקצוע (פסיכולוג חינוכי מומחה / רופא מומחה בתחום / מאבחן דידקטי) וטופס ויתור סודיות.
ועדת ההתאמות תדון בבקשה ותחליט אם לאפשר לתלמיד מבחן בתנאים מותאמים.